In den Fachausschüssen sind vor allem Vertreter*innen von BKJ-Mitgliedsorganisationen aktiv, aber auch externe Expert*innen und Vertreter*innen von Partner-Organisationen im jeweiligen Themenfeld können zu den Sitzungen eingeladen werden. Fachausschüsse werden von der Mitgliederversammlung für mindestens drei Jahre eingerichtet. Sie kommen in der Regel zwei Mal im Jahr zu ganztägigen Sitzungen zusammen.